여객 및 관광객 수송 측면에서 제주항은 과거의 찬란한 모습을 찾아보기는 힘들지만 제주에 필요한 물자의 수송 측면에서는 점차 그 중요도가 높아지고 있다.

1996년 제주항을 기점으로 한 여객선 이용객은 86만5914명으로 해마다 상승세를 보이다가 이듬해인 1997년에는 79만4756명으로 줄었으며, IMF 경제위기 상황을 겪으면서 1998년에는 50만1580명으로 1996년에 비해 42%나 크게 줄어들었다.

제주를 찾는 단체관광객을 위주로 한 승객들의 발걸음이 뜸해졌다.
그러나 1999년 61만7711명, 2000년 73만2829명, 2001년 80만7516명으로 점차 회복세를 보이면서 IMF 이전 수준으로 되돌아가고 있으며 올해에도 지난 9월 말까지 73만1218명이 여객선을 이용해 지난해보다는 늘어날 것으로 전망되고 있다.

올해 제주항 여객선 1일 평균 이용객은 2708명으로 항공편에 비해 미미한 수준이지만 화물은 역시 제주항이 전적으로 담당하고 있다.

1996년 506만2000t에서 1997년 568만2000으로 늘어났으나 역시 IMF 여파로 이듬해인 1998년도에는 445만2000t으로 전년도 대비 21%가 감소했다.

그러나 1999년도에는 495만9000t, 2000년도 534만4000t, 2001년도 544만5000t으로 꾸준히 급증하고 있다.

이처럼 제주항은 물동량은 꾸준히 증가하고 있으며 앞으로 국제자유도시가 본격 추진될 경우 그 증가폭이 더욱 커져 제주항의 극심한 선석체화가 우려되고 있다.

이에 해양수산부는 사업비 5000억원을 투입해 동북아 중심항 역할을 담당할 제주외항을 건설중이며 현재 1차공사로 사업비 1500억원이 투입돼 외항서방파제 축조공사가 본격 실시되고 있다.