조선시대 제주목사는 군사·행정·사법·교육·치안 등 전 분야를 지휘·감독했던 제주 최고의 통치자였다.
이런 까닭에 제주목사의 동헌을 8도 관찰사가 머물던 감영과 마찬가지로 영청(營廳)이라 불렀다.
원래 목사의 품계는 정3품 가운데 당하관에 해당됐다.
그러나 제주목사는 정3품에서도 당상관인 통정대부(通政大夫·문신)나 절충장군(折衝將軍·무신)을 주로 임명했다. 다른 지역 목사보다 상대적으로 높은 지위에 있었다.
당상관(堂上官)은 대청(堂)에 올라가 의자에 앉아 국정을 입안·집행하는 최고급 관료다.
당상관이 품계보다 낮은 당하관직에 임명되면 관직 앞에 행(行)자를, 당하관이 당상관직을 맡으면 수(守)자를 붙였다. 그래서 제주목사 임명 시 行濟州牧使(행제주목사)로 제수됐다.
제주목사는 반드시 군직(軍職)을 겸했다. 조선 초기에는 만호(萬戶)·안무사(按撫使)의 직책을 맡았다. 1466년(세조 12)부터 병마수군절제사(兵馬水軍節制使)로 육·해군의 통수권이 부여했다.
1638년(인조 16)에는 방어사(防禦使), 1642년(인조 20)에는 절제사(節制使), 1713년(숙종 39) 이후에는 다시 방어사란 직책이 겸임됐다. 명칭에만 차이가 있었을 뿐, 항상 군사령관을 겸직했다.
조선왕조 500여 년(1392~1910년) 동안 286명이 제주목사를 역임했다.
가족을 데리고 부임하지 못하는 변방의 수령 임기는 2년 6개월(900일)이지만 평균 재임기간은 1년 10개월이었다.
일신상의 이유로 부임하지 못했던 이도 12명이 됐다. 문책 사유로 임기를 채우지 못한 목사가 허다했다.
6개월을 넘기지 못한 목사는 28명(10%), 1년을 채우지 못한 목사도 65명(23%)이 됐다.
파직되거나 탄핵을 받아 압송된 목사는 68명(24%)에 이르렀다. 재임 중에 노환·질병으로 사망한 목사는 21명(7%)이 나왔다.
연고가 있는 관직에 제수할 수 없게 한 상피제(相避制)를 엄격하게 적용해 제주 출신은 제주목사로 임명될 수 없었다.
초대 목사는 1393년(태조 2) 부임한 여의손이며, 마지막 목사는 일제강점이 시작된 1910년 임명된 서병업이다.
6년(1593~1599)간 가장 오래 부임한 목사는 이경록이다. 그는 임진왜란 발발로 이임하지 못했고, 성산일출봉에 성곽을 구축하던 중 풍토병에 걸려 제주에서 생을 마감했다.
