제주연안은 오래전부터 구멍갈파래의 대량 발생으로 홍역을 앓고 있다.

구멍갈파래는 영양물질 흡수율이 월등하며, 다른 해조류를 영양 결핍시켜 말라 죽게 만들기도, 햇빛을 차단, 육중한 몸으로 압사시키기도 한다.

일부 외국에서는 구멍갈파래의 뛰어난 영양물질 흡수를 이용해 육상 오염물질이 바다로 흘러가는 것을 막아 적조 등의 유해성 플랑크톤 발생을 억제하는데 사용하기도 한다. 그러나 제주연안에서는 다량 발생으로 생태계파괴가 일어나고 있다.

구멍갈파래는 다른 해조류보다 우점을 점해 그 지역에 구멍갈파래만 존재하는 게 가장 큰 문제이며, 생태계 파괴의 주범이라고 말한다.

구멍갈파래 대량 발생은 해수면 밑에 두껍게 매트를 형성하며 여름철 수온 상승으로 부패돼 해수면으로 부상하고 조류에 따라 떠다니게 된다. 또한 악취를 발생시켜 주민들에게 고통을 주며, 제주연안 경관을 훼손해 청정환경 이미지를 퇴색케 한다.

제주도의 2008년 보고서에 따르면 도내 연간 구멍갈파래 발생량은 약 1만 톤이며, 가장 많이 발생하는 곳은 신양해수욕장으로 약 4200톤이 생산된다고 한다. 현재는 더 많은 양이 발생되는 것으로 보인다.

2016년 연구 결과 원인은 주변에서 유입되는 질소에 의한 것이며, 유입 경로는 주변 오염원에 따른 것으로 보여진다. 해안용천수의 질소 기원이 어떤 것인지 밝히기 위해 2017년 연구과제로 선정해 진행하고 있다.

이러한 결과를 토대로 구멍갈파래 대량 발생의 저감방안을 마련하고, 발생된 구멍갈파래는 어떻게 처리 할것 인지 그 대책을 만들어, 제주연안의 청정성을 확보하고 생태계파괴를 불식시키는데 더 많은 노력이 필요한 실정이다.