돼지는 인류의 역사와 더불어 밀접한 관계를 맺어 왔다. 스페인 북부지방의 알타미라(Altamira) 동굴벽화에 의하면 기원전 6만~1만년 사이에 돼지가 사육됐음을 알 수 있다. 중국의 유적지에서 발견된 돼지의 뼈, 치아 및 화문도기(花紋陶器)에 그려진 그림과 기록에 의하면 기원전 1만~3000년 사이에 돼지가 사육됐다.
기원 전·후 시기부터 서기 7세기 사이 제주에는 사슴, 소, 멧돼지 등의 동물들이 서식한 것으로 추정할 수 있으며, 삼국지위지동이전(三國志魏志東夷傳)에 기원 전·후에 소와 돼지를 즐겨 길렀다는 내용으로 보아 이 시기에 가축화가 됐음을 알 수 있다. 삼국지위지한전(三國志魏志韓傳)의 호주(胡州: 제주도의 별칭)에서 소와 돼지를 기르고 있다는 기록이 있어 약 2000~3000년 전부터 만주일대, 한반도뿐만 아니라 제주도에서도 돼지를 많이 길렀던 것으로 보인다.
제주도 곽지 유적지에서 초기 철기시대(기원전 200년경)부터 조선시대에 이르기까지의 출토된 다양한 유물들 중에는 소, 멧돼지, 사슴 등의 유골들이 다수 발굴되어 역사적인 기록을 뒷받침하고 있다.
1908년을 전후하여 생산능력이 낮은 재래돼지를 개량할 목적으로 다양한 개량종들이 유입돼 재래돼지와의 잡종화가 많이 일어났으며, 해방 후에도 1961년 이시돌 목장에서 버크셔 품종과 요크셔 품종 도입으로 다수의 개량종들이 사육되면서 재래돼지의 개체 수가 급감했다.
축산진흥원은 1986년에 재래종 흑돼지 5마리를 확보해 순수 계통번식 보존을 시작했으며, 2015년 천연기념물 제550호로 지정해 관리하고 있다.
