과학기술부는 2001년부터 과학영재학교 첨단교육장비지원사업으로 전국 16개 과학고에 과학 및 컴퓨터 관련 첨단교육장비를 지원하고 있는데 2001년 12월부터 지난해 11월 말까지 이 사업 시행에 대한 평가를 한국소프트웨어진흥원에 위임했다.
제주과학고는 이 기간 공동실험실과 심화분석장비실을 갖추고 이온크로마토그래피 등 첨단과학교육장비 38종 98점을 구비해 과학영재교육에 활용했다.
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