2006년 10월에 개소하여 소규모기관임에도 불구하고 단기간 내에 2009년 처음으로 시행되었던 전국아동보호전문기관 평가대회에서 최우수기관으로 선정되어 보건복지가족부장관표창을 수상한 바 있다.
이어 2010년에는 서귀포시아동보호전문기관 소속 학대피해아동 전용 그룹홈(아이오름)도 전국 아동공동생활가정(그룹홈)평가에서 최우수 A등급 그룹홈으로 선정됐다.
그리고 지난 14일부터 15일 이틀간 서울 송파구 소재 서울올림픽파크텔에서 열린‘2011 전국아동보호전문기관 우수사례경진대회’에서 보건복지부장관상을 수상하여 학대피해아동과 가족을 위한 다양한 프로그램 진행, 유관기관 네트워크 구축 등 지역사회의 실질적인 변화를 이끌어내어 지역 내 아동․청소년 복지 증진에 이바지한 공을 인정받았다.
서귀포시아동보호전문기관은 추가적 예산지원과 인력충원이 반영되어 제주의 아동학대예방과 학대피해아동보호사업에 보다 효과적이며, 효율적인 운영을 할 수 있기를 기대한다고 밝혔다.