농협경제지주와 제주시가 제주복합물류센터 부지에 부과된 취득세를 놓고 소송전을 펼치고 있는 가운데 1심에서 승소했던 제주시가 항소심에서 패소하면서 법정공방이 대법원으로 이어지게 됐다.
19일 제주시 등에 확인한 결과 광주고등법원 제주제1행정부(재판장 이경훈 부장판사)는 농협경제지주 주식회사가 제주시를 상대로 제기한 취득세 등 부과 처분 취소 소송 항소심에서 원고 승소 판결을 내렸다.
농협경제지주는 제주시 조천읍 와산리에 제주복합물류센터를 신축하기로 하고 2016년 67억1200만원 상당의 토지를 매수했다.
이어 농협경제지주는 2017년 5월 소유권 이전 등기를 마무리하고 ‘구매·판매 사업 등에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산’의 취득세 등을 감면하는 옛 지방세특례제한법에 따라 일부 감면된 취득세와 지방교육세, 농어촌특별세를 납부했다.
하지만 부동산 소유권 이전 등기가 마무리된 후 2년이 지나도록 제주복합물류센터 공사가 착공되지 않자 제주시는 2019년 9월 “농협경제지주가 정당한 사유 없이 취득한 토지를 용도에 맞게 사용하지 않았다”며 감면된 취득세 등 9978만5290원을 부과했다.
이에 농협경제지주가 이에 반발, 소송을 제기하면서 법적 공방이 진행됐다.
재판부는 1심에서 제주시의 손을 들어줬다. 농협경제지주가 2021년 4월 제주복합물류센터 공사를 착공하기는 했지만 토지를 취득한 후 정당한 사유 없이 장기간 방치한 만큼 제주시의 조치가 정당하다고 본 것이다.
하지만 항소심 재판부는 농협경제지주의 손을 들어줬다. 옛 지방세특례법의 세금 감면 취지와 제주복합물류센터를 착공하기 위해서는 토지 매입 이후 적지 않은 절차를 거쳐야 하는 점을 고려하면 감면된 세금을 다시 부과한 것은 지나치다고 판단한 것이다.
이와 관련 제주시 관계자는 “관련법에 근거해 정당한 조치를 취한 것”이라며 “판결문 검토가 끝나는 대로 상고를 제기할 방침”이라고 밝혔다.
